El propósito de la FUM es administrar el patrimonio de la UM, velando por su subsistencia y engrandecimiento a través de la contribución a la investigación científica, al desarrollo tecnológico y a la formación cultural en general, otorgando becas y auspicios, además de promover la creación de Institutos de Investigación y Bibliotecas.
También es su función asistir y promover toda acción de vinculación que le permita a la Universidad concretar su misión de servicio a la comunidad que la sustenta.